本條開具紅字發票才能扣減銷項稅額的規定，包括幾個含義：
　　（一）納稅人發生銷售行為并開具了增值稅專用發票后，如果需要扣減銷項稅額，其條件是必須正確開具紅字專用發票，否則不能從銷項稅額中扣減增值稅額。
　　（二）納稅人開具紅字發票是有限制條件的，只有在規定的情況下才能開具，不能由納稅人任意開具。這些情形包括發生退款和開票有誤，除此之外都是不允許開具的。
　　（三）開具紅字專用發票必須按照國家稅務總局的規定，遵循相關審批程序才能開具。具體開具辦法主要是根據《國家稅務總局關于修訂（增值稅專用發票使用規定）的通知》（國稅發〔2006〕156號）和《國家稅務總局關于修訂增值稅專用發票使用規定的補充通知》（國稅發〔2007〕18號）。納稅人只有依照稅務機關的相關政策規定開具紅字專用發票，才能最大限度保護自己的利益。
　　
　　第三十九條 納稅人提供應稅服務，將價款和折扣額在同一張發票上分別注明的，以折扣后的價款為銷售額；未在同一張發票上分別注明的，以價款為銷售額，不得扣減折扣額。
　　
　　本條款是引用原折扣額抵減應稅銷售額的規定，即折扣是否能沖減銷售額關鍵在于是否在同一張發票上反映。
　　《中華人民共和國營業稅暫行條例實施細則》中規定：納稅人發生應稅行為，如果將價款與折扣額在同一張發票上注明的，以折扣后的價款為營業額；如果將折扣額另開發票的，不論其在財務上如何處理，均不得從營業額中扣除。
　　需要注意的是，試點納稅人采取折扣方式銷售貨物，雖在同一發票上注明了銷售額和折扣額，卻將折扣額填寫在發票的備注欄，是否允許抵減銷售額的問題。可以參考國稅函[2010]56號文件規定，即《國家稅務總局關于印發〈增值稅若干具體問題的規定〉的通知》(國稅發[1993]154號)第二條第（二）項規定：“納稅人采取折扣方式銷售貨物，如 果銷售額和折扣額在同一張發票上分別注明的，可按折扣后的銷售額征收增值稅”。納稅人采取折扣方式銷售貨物，銷售額和折扣額在同一張發票上分別注明是指銷售額和折扣額在同一張發票上的“金額”欄分別注明的，可按折扣后的銷售額征收增值稅。未在同一張發票“金額”欄注明折扣額，而僅在發票的“備注”欄注明折扣額的，折扣額不得從銷售額中減除。
　　
　　第四十條　納稅人提供應稅服務的價格明顯偏低或者偏高且不具有合理商業目的的，或者發生本辦法第十一條所列視同提供應稅服務而無銷售額的，主管稅務機關有權按照下列順序確定銷售額：