（三）這里需要注意的是，扣減進項稅額的計算依據不是按該貨物、應稅服務或者應稅服務的原來的進價，而是按發生上述行為的當期實際成本計算。實際成本是企業在取得各項財產時付出的采購成本、加工成本以及達到目前場所和狀態所發生的其他成本，是相對于歷史成本的一個概念。
　　如試點地區某運輸企業2012年1月購入一輛車輛作為運輸工具，車輛不含稅價格為30萬元，增值稅專用發票上注明的增值稅款為5.1萬元，企業對增值稅發票進行了認證抵扣。2013年12月，由于經營需要，運輸企業將車輛作為接送員工上下班工具使用。車輛折舊期限為5年，采用直線法折舊。該運輸企業需將原已抵扣的進項稅額按照實際成本進行扣減，扣減的進項稅額為5.1÷5×3＝3.06萬元。
　　
　　第二十八條　納稅人提供的適用一般計稅方法計稅的應稅服務，因服務中止或者折讓而退還給購買方的增值稅額，應從當期的銷項稅額中扣減；發生服務中止、購進貨物退出、折讓而收回的增值稅額，應從當期的進項稅額中扣減。
　　
　　本條是對納稅人扣減銷項稅額和進項稅額的規定。這一條款體現了權利與義務對等的原則，從銷售方的角度看，發生服務中止或折讓時，計算征收增值稅的銷售額減少，因此可以扣減自己的銷項稅額，減少納稅義務。而從購買方的角度看，發生服務中止、購進貨物退出或折讓時對方應納增值稅減少，相應要扣減自己的進項稅額。這樣做，可以保證銷貨方按照扣減后的稅額計稅，購買方同樣按照扣減后的進項稅額申報抵扣，避免銷售方減少了銷項稅額但購買方不減少進項稅額的情況發生，保證國家稅款能夠足額征收。
　　
　　第二十九條　有下列情形之一者，應當按照銷售額和增值稅稅率計算應納稅額，不得抵扣進項稅額，也不得使用增值稅專用發票：
　　（一）一般納稅人會計核算不健全，或者不能夠提供準確稅務資料的；
　　（二）應當申請辦理一般納稅人資格認定而未申請的。
　　
　　為了加強對符合一般納稅人條件的納稅人的管理，防止他們利用一般納稅人和小規模納稅人的兩種不同的征稅辦法達到少繳稅的目的，實施辦法制定了一項特殊的制度。對一般納稅人會計核算不健全，或者不能夠提供準確稅務資料的，對試點納稅人銷售額超過小規模納稅人標準，未申請辦理一般納稅人認定手續的，要按銷售額依照增值稅稅率計算應納稅額，不得抵扣進項稅額，也不得使用增值稅專用發票。
　　這項措施是一項帶有懲罰性質的政策，其目的在于防止納稅人利用一般納稅人和小規模納稅人兩種不同的征稅辦法少繳稅款。此外，本條第一款進一步明確了會計核算不健全的情況，只適用于一般納稅人。