土地增值稅清算需要審核大量跨年度收入、成本和費用情況，計算比較復雜，容易產生涉稅風險。

清算條件

（一）符合下列情形之一的，納稅人應進行土地增值稅的清算：1.房地產開發項目全部竣工、完成銷售的；2.整體轉讓未竣工決算房地產開發項目的；3.直接轉讓土地使用權的。

（二）符合下列情形之一的，主管稅務機關可要求納稅人進行土地增值稅清算：1.已竣工驗收的房地產開發項目，已轉讓的房地產建筑面積占整個項目可售建筑面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%，但剩余的可售建筑面積已經出租或自用的；2.取得銷售（預售）許可證滿三年仍未銷售完畢的；3.納稅人申請注銷稅務登記但未辦理土地增值稅清算手續的；4.省稅務機關規定的其他情況。土地增值稅以國家有關部門審批的房地產開發項目為單位進行清算，對于分期開發的項目，以分期項目為單位清算。

預征稅款

土地增值稅以預征為主，符合條件進行清算。土地增值稅暫行條例實施細則第十六條規定，納稅人在項目全部竣工結算前轉讓房地產取得的收入，由于涉及成本確定或其他原因，而無法據以計算土地增值稅的，可以預征土地增值稅，待該項目全部竣工、辦理結算后再進行清算，多退少補。《國家稅務總局關于加強土地增值稅征管工作的通知》（國稅發〔2010〕53號）明確，除保障性住房外，我國東部地區省份預征率不得低于2%，中部和東北地區省份不得低于1.5%，西部地區省份不得低于1%。為此，符合上述清算條件的，應按規定進行清算。《國家稅務總局關于土地增值稅清算有關問題的通知》（國稅函〔2010〕220號）規定，納稅人按規定預繳土地增值稅后，清算補繳的土地增值稅，在主管稅務機關規定的期限內補繳的，不加收滯納金。

資料報送

符合上述清算條件第（一）項規定應進行土地增值稅清算的項目，納稅人應當在滿足條件之日起90日內到主管稅務機關報送清算資料。符合清算條件第（二）項規定稅務機關可要求納稅人進行土地增值稅清算的項目，由主管稅務機關下達清算通知，納稅人應當在收到清算通知之日起90日內報送清算資料。應報送的資料主要有：1.土地增值稅清算表及其附表；2.房地產開發項目清算說明，主要內容應包括房地產開發項目立項、用地、開發、銷售、關聯方交易、融資、稅款繳納等基本情況及主管稅務機關需要了解的其他情況；3.項目竣工決算報表、取得土地使用權所支付的地價款憑證、國有土地使用權出讓合同、銀行貸款利息結算通知單、項目工程合同結算單、商品房購銷合同統計表、銷售明細表、預售許可證等與轉讓房地產的收入、成本和費用有關的證明資料。主管稅務機關需要相應項目記賬憑證的，納稅人還應提供記賬憑證復印件；4.納稅人委托稅務中介機構審核鑒證的清算項目，還應報送中介機構出具的《土地增值稅清算稅款鑒證報告》。