根據187號文件第二條第二項規定，該公司在2012年5月這個時點屬于可通知清算的情形，若稅務機關因種種原因未通知該公司清算，而該公司于2013年1月完成全部銷售后清算，根據土地增值稅暫行條例及其實施細則等規定計算的應繳土地增值稅稅額為2004.34萬元(適用稅率為30%，計算過程略)。
　　上述兩種處理方法的不同，造成納稅人應繳土地增值稅稅額存在較大差異。這也表明187號文件第八條規定的“清算后再轉讓房地產的處理”方法，雖然簡化了清算后的土地增值稅計算，但與土地增值稅暫行條例及其實施細則規定的土地增值稅計算方法相悖。
　　針對187號文件第八條規定的處理方法存在的問題，有稅務機關提出，清算后再轉讓土地增值稅的計算方法為：再轉讓扣除項目金額=[(清算時的扣除項目總金額-清算時扣除的與房地產有關的稅金)÷清算時已售面積]×再轉讓建筑面積+再轉讓應扣除的與房地產有關的稅金，再根據增值額重新計算增值率，對照適用稅率計算再轉讓應繳的土地增值稅稅額。通過數學模型計算，此辦法在再轉讓價格與清算時價格相差不大，再轉讓與清算時適用稅率不變的情況下，可以適用。否則，仍然會造成納稅人多繳或少繳土地增值稅。同上例，按此辦法計算的清算后再轉讓的扣除項目金額=[(清算時的扣除項目總金額37068.45萬元-清算時扣除的與房地產有關的稅金2220萬元)÷清算時已售面積8.51萬平方米]×再轉讓建筑面積14900平方米+再轉讓應扣除的與房地產有關的稅金578.87萬元=6680.42(萬元)，增值額為3749.58萬元，增值率為56.13%，適用稅率為40%，速算扣除系數為5%，再轉讓應繳土地增值稅為1165.81萬元，該項目清算時和再轉讓應繳土地增值稅合計2145.28萬元，與按187號文件處理方法相比，多繳14.42萬元，與銷售完畢一次清算相比，多繳140.94萬元。
　　綜上所述，筆者認為，上述兩種處理方法，造成土地增值稅應繳稅額的不確定。造成納稅人或少繳土地增值稅的原因在于清算時點的自由裁量，將會形成征納涉稅風險。因此，筆者建議，對187號文件第二條第二項中前兩種“可清算”情形的納稅申報，界定為土地增值稅預清算申報，預清算后再轉讓的申報，適用187文件第八條規定的處理方法，最后一次再轉讓或注銷前的納稅申報，應與預清算申報、預清算后再轉讓申報合并，并根據土地增值稅暫行條例及其實施細則等規定進行最終清算，多退少補，實現清算項目土地增值稅稅額的唯一性和確定性。