根據(jù)187號文件第二條第二項規(guī)定，該公司在2012年5月這個時點屬于可通知清算的情形，若稅務機關因種種原因未通知該公司清算，而該公司于2013年1月完成全部銷售后清算，根據(jù)土地增值稅暫行條例及其實施細則等規(guī)定計算的應繳土地增值稅稅額為2004.34萬元(適用稅率為30%，計算過程略)。
　　上述兩種處理方法的不同，造成納稅人應繳土地增值稅稅額存在較大差異。這也表明187號文件第八條規(guī)定的“清算后再轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)的處理”方法，雖然簡化了清算后的土地增值稅計算，但與土地增值稅暫行條例及其實施細則規(guī)定的土地增值稅計算方法相悖。
　　針對187號文件第八條規(guī)定的處理方法存在的問題，有稅務機關提出，清算后再轉(zhuǎn)讓土地增值稅的計算方法為：再轉(zhuǎn)讓扣除項目金額=[(清算時的扣除項目總金額-清算時扣除的與房地產(chǎn)有關的稅金)÷清算時已售面積]×再轉(zhuǎn)讓建筑面積+再轉(zhuǎn)讓應扣除的與房地產(chǎn)有關的稅金，再根據(jù)增值額重新計算增值率，對照適用稅率計算再轉(zhuǎn)讓應繳的土地增值稅稅額。通過數(shù)學模型計算，此辦法在再轉(zhuǎn)讓價格與清算時價格相差不大，再轉(zhuǎn)讓與清算時適用稅率不變的情況下，可以適用。否則，仍然會造成納稅人多繳或少繳土地增值稅。同上例，按此辦法計算的清算后再轉(zhuǎn)讓的扣除項目金額=[(清算時的扣除項目總金額37068.45萬元-清算時扣除的與房地產(chǎn)有關的稅金2220萬元)÷清算時已售面積8.51萬平方米]×再轉(zhuǎn)讓建筑面積14900平方米+再轉(zhuǎn)讓應扣除的與房地產(chǎn)有關的稅金578.87萬元=6680.42(萬元)，增值額為3749.58萬元，增值率為56.13%，適用稅率為40%，速算扣除系數(shù)為5%，再轉(zhuǎn)讓應繳土地增值稅為1165.81萬元，該項目清算時和再轉(zhuǎn)讓應繳土地增值稅合計2145.28萬元，與按187號文件處理方法相比，多繳14.42萬元，與銷售完畢一次清算相比，多繳140.94萬元。
　　綜上所述，筆者認為，上述兩種處理方法，造成土地增值稅應繳稅額的不確定。造成納稅人或少繳土地增值稅的原因在于清算時點的自由裁量，將會形成征納涉稅風險。因此，筆者建議，對187號文件第二條第二項中前兩種“可清算”情形的納稅申報，界定為土地增值稅預清算申報，預清算后再轉(zhuǎn)讓的申報，適用187文件第八條規(guī)定的處理方法，最后一次再轉(zhuǎn)讓或注銷前的納稅申報，應與預清算申報、預清算后再轉(zhuǎn)讓申報合并，并根據(jù)土地增值稅暫行條例及其實施細則等規(guī)定進行最終清算，多退少補，實現(xiàn)清算項目土地增值稅稅額的唯一性和確定性。