綜上，甲公司2018年、2019年度發生的利息支出允許稅前扣除，不作納稅調整。甲公司的借款合同、收款憑據、利息計算清單等利息支出真實性的合法憑據應當留存備查。

2.如果甲公司2021年5月31日之前仍未取得發票，則2018年、2019年、2020年各年度利息支出均不得在稅前扣除，甲公司除需對2020年度利息支出100萬元作納稅調增外，還需對2018年、2019年度的利息支出作追補調增。追補調增后，若能夠在稅款追補期限內取得補開發票，準予追補至該項目發生年度計算扣除。

《辦法》第十七條規定的追補期是指該項支出發生年度的次年起連續五年，即2018年度、2019年、2020年利息支出扣除的追補期分別是2019-2023年、2020-2024年、2021-2025年，因此，如果2023年12月31日前能夠取得補開發票，2018年度利息允許追補扣除，此后即便取得補開發票，也不得追補扣除。2019年、2020年的稅務處理依此類推。

3.如果甲公司2021年5月31日之前未取得發票，稅務管理或稽查部門發現甲公司辦理2018年、2019年、2020年度企業所得稅匯算清繳時已自行申報扣除未作納稅調增處理，應當書面通知甲公司60日內補開發票，若能夠在60日內取得補開發票，不作納稅調增；反之，若被告知之日起60日內仍未取得補開發票，2018年、2019年、2020年均需追溯調增，追溯調增后，即便是在五年追補期內取得補開發票，也不得追補扣除。