國有企業產權改制基本完成以后，對大多數沒有證券資格的中小事務所來說，除了工商年檢和驗資業務以外，主要的業務就是各種專項審計業務。
專項審計是具有特殊目的、專門（單一）用途的審計。現行的審計準則是主要針對定期報表審計制定的。沒有專門的專項審計準則，因為專項審計是政府審計或企業內部審計業務范疇。根據用途不同，專項審計的程序與方法等規定分布在各有關文件中。如國有企業清產核資審計業務，是根據2003年9月9日國資委第1號令《國有企業清產核資辦法》和《清產核資資金核實工作規定》等四個配套規定進行的。行政事業單位資產清查專項審計，是根據全國行政事業單位資產清查工作小組辦公室《關于印發中央級行政事業單位資產清查專項審計報告范本等事項的通知》進行的。常見的專項審計業務主要有：主輔分離、國企改制審計；企業擬合并、分離審計；經濟責任審計，離任審計；破產審計（破產宣告前、清算審計）；以摸清家底為目的的財務狀況專項審計；基本建設工程財務決算審計。
工商年檢審計雖然具有專門的用途，按照中注協的規定屬于年度財務報表審計，不屬于專項審計，區別在于審計的側重點是注冊資本投入及使用情況，而不是企業的財務狀況和經營情況。
專項審計與年度財務報表審計的區別主要在于審計目的、審計重點、重要性水平以及報告的格式不同。專項審計在審計方法、審計程序方面，與年度財務報表審計執行相同的審計準則。專項審計的難點是對查出的問題如何處理以及如何出具恰當的審計報告。現就我自己的工作體會，就專項審計應的幾個問題與同仁一起商榷。
一、專項審計的重要性水平
專項審計的重要性水平不能套用年度財務報表審計的重要性水平。假如你的專項審計被認定審計失敗，你辯稱沒有超過年度財務報表審計通用的重要性水平是無效的。因為專項審計的重要性水平與年度財務報表的重要性水平是不同的，一般來說要比年報審計的重要性水平低一些。
一般情況下，專項審計的重要性水平是注冊會計師根據委托方的審計目標確定的。委托人要求的審計目標達到什么程度，就是應該設定的重要性水平。由于各種專項審計報告的審計目標不同，不可能設定一個適合于各種專項審計的重要性水平，比如企業改制審計，凡是影響凈資產的，只要證據確鑿，不論金額大小，都要調整。再如對納稅情況進行專項審計，只要證據確鑿，不論金額大小都是重要的，都要進行調整。
從廣義的角度來看，年度財務報表審計的重要性水平，也是根據委托方的審計目標確定的，比如上市公司年報審計的重要性水平，是根據財務報告使用者利用會計報表數據判斷企業經營情況的審計目標確定的；國有企業年報審計的重要性水平，是根據國資委對會計報表的審計目標確定的。因此，專項審計的重要性水平的確定，與年度財務報表審計本質上沒有區別。