管理中心對推薦單位、項目組織單位推薦的各類創新基金項目按下列程序組織項目審查、評審和立項：
1．對企業和推薦單位、項目組織單位提交的申報資質審查及推薦材料審查；
2．審查合格的項目，管理中心將按照《科技型中小企業創新基金項目評審、評估規范》組織有關專家和機構對其進行立項評審、評估，重點創新項目可采取實地考察、答辯等立項審查方式。地方評審意見和結果，作為立項評審結果的組成部分；
3．根據評審、評估結果，擇優確定擬支持項目；
4．確定擬支持的項目，報科技部、財政部批準；
5．經科技部、財政部批準立項的創新基金項目，管理中心將在創新基金網站及其他公開媒體上分期發布公告；
6．立項項目公告發布之日起的兩周內為立項項目異議期，管理中心受理項目異議。項目異議受理電話：010-63923550，E-mail：tous@innofund.gov.cn ；地址：北京市復興路12號C座3層；郵編：100038。
異議期內，推薦單位、項目組織單位負責立項項目的實地審驗、地方政府支持資金的落實。
7．在異議期后由企業、項目組織單位和管理中心簽訂項目合同；
8．為能準確反映創新基金、地方資金支持以及企業自籌資金的到位情況和使用情況，確保專款專用，并有利于對其進行監督檢查，資助項目的承擔單位須對項目資金進行單獨核算。
9. 原則上項目一經立項，企業和項目信息不得變更。
第五章 合同簽訂和資金撥付
創新基金項目的合同簽訂工作依照《科技型中小企業技術創新基金項目立項合同簽訂和管理工作規范》進行，由管理中心負責組織實施。
一、合同簽訂和管理
1．創新基金項目實行合同管理，正式立項的項目由管理中心與項目承擔企業、推薦單位（項目組織單位）三方共同簽訂合同。自創新基金項目公告之日起兩個月內，必須完成立項項目合同的簽訂工作，確定項目各項技術經濟指標、階段考核目標以及完成期限等條款，合同經管理中心核準蓋章后生效，寄回推薦單位（項目組織單位），同時由推薦單位將合同抄送項目所在地省級財政部門。對于有重大異議的項目，管理中心暫不簽訂合同，并對項目進行復議。合同各方，不得無故逾期完成合同簽訂工作。
2．合同所涉及項目的主要技術路線、經濟技術指標、資金籌措計劃和項目的完成時間等內容全部都是申報材料中的內容，并已經通過專家審查，原則上不能在合同簽訂過程中修改。
3．為了維護立項項目合同的嚴肅性，在項目執行過程中，合同的主要內容（包括項目名稱、承擔單位、總體目標及實施階段目標、技術經濟指標、完成期限等）原則上不能修改。