一、審查及項目評審
管理中心負責受理創新基金項目的申請，并按下列程序組織審查和項目評審：
1．對企業和推薦單位提交的申請及推薦材料進行審查；
2．審查合格的項目，管理中心將組織有關專家和機構對其進行立項評審、評估；
重大項目采取重大項目的立項審查方式；
3．經評審、評估的項目，根據評審、評估結果，擇優確定擬支持項目；
地方基金業已支持的項目，其地方評審意見和結果，作為立項評審結果的組成部分；
4．確定擬支持的的項目，由管理中心上報科技部、財政部批準。
二、立項
1．經科技部、財政部批準立項的創新基金項目，管理中心將在創新基金網站以及《科技日報》、《中國高新技術產業導報》等相關新聞媒體上分期發布公告。
2．立項項目公告發布之日起的兩周內為立項項目異議期，管理中心受理項目異議。項目異議受理電話：010-63952229-310，E-mail：tous@innofund.gov.cn
異議期內，推薦單位負責立項項目的實地審驗、地方政府支持資金的落實。項目有重大異議、項目及項目承擔單位發生重大變化、地方政府支持資金不能落實等的項目，管理中心將推遲與項目承擔單位簽定項目合同，直至取消支持計劃。
3．管理中心在異議期后向立項項目承擔企業或推薦單位寄送《科技型中小企業技術創新基金項目合同》（以下簡稱“《合同》”），并與企業、推薦單位簽訂《合同》；《合同》一經生效，將向項目承擔企業分期撥付項目資金。
4．為能準確反映創新基金、地方資金支持以及企業自籌資金的到位情況和使用情況，確保專款專用，并有利于對其進行監督檢查，無償資助項目的承擔單位，須對項目進行單獨核算。
三、監理驗收
1．管理中心對創新基金項目的實施全過程監督管理。《合同》是監理工作的主要依據，監理的要求與相關文件將與《合同》一并寄送企業。
2．管理中心委托各省、自治區、直轄市、計劃單列市和新疆生產建設兵團的科技主管部門，以及獲得推薦單位資格的副省級城市的科技主管部門、國家高新區管委會作為本轄區內創新基金項目的監督管理單位（以下簡稱“地方監理單位”）， 并根據項目推薦與屬地管理相結合的原則，對項目實施監督管理。
3．創新基金項目承擔企業須在項目執行期內，根據管理中心的規定，按時上報《科技型中小企業技術創新基金項目監理信息調查表》。地方監理單位按規定上報《項目監理意見表》。
各省、自治區、直轄市、計劃單列市和新疆生產建設兵團的科技主管部門要在完成每期監理的十五天內，將所轄地區所有項目的監理意見匯總后，抄送省級財政部門。